Czym różni się kontrola podatkowa od celno-skarbowej? Biuro rachunkowe Agmer wyjaśnia

Kto kontroluje: naczelnik urzędu skarbowego czy urzędu celno-skarbowego?

Kontrolę podatkową reguluje dział VI Ordynacji podatkowej. Prowadzi ją organ podatkowy pierwszej instancji, czyli naczelnik urzędu skarbowego właściwego dla podatnika, a przy podatkach lokalnych wójt, burmistrz lub prezydent miasta. Jej celem jest sprawdzenie, czy przedsiębiorca wywiązuje się z obowiązków wynikających z przepisów podatkowych, więc w praktyce dotyczy ona bieżących rozliczeń VAT, PIT lub CIT za wskazany okres.

Sprawdź też: Kontrola skarbowa w firmie - jak wygląda i jak się do niej przygotować?

Kontrola celno-skarbowa działa na podstawie ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej. Prowadzi ją naczelnik urzędu celno-skarbowego, który nie jest związany właściwością miejscową i może wykonywać czynności na terenie całego kraju. Zakres tej procedury wykracza poza podatki, ponieważ obejmuje również cło, akcyzę, gry hazardowe i przeciwdziałanie praniu pieniędzy. Z założenia służy ona sprawom o większej wadze, takim jak wyłudzenia VAT, choć trafiają na nią także zwykłe firmy.

Zawiadomienie i czas trwania: siedem dni uprzedzenia czy wejście bez zapowiedzi?

Przed kontrolą podatkową organ doręcza zawiadomienie o zamiarze jej wszczęcia, a same czynności może rozpocząć najwcześniej po siedmiu i najpóźniej przed upływem trzydziestu dni od doręczenia. Ten czas pozwala uporządkować dokumenty i złożyć korektę deklaracji, jeśli przedsiębiorca sam zauważy błąd. Wyjątki dotyczą między innymi kontroli zasadności zwrotu VAT oraz niezgłoszonej działalności. Kontrola podatkowa podlega też limitom z Prawa przedsiębiorców, które od 1 stycznia 2026 roku wynoszą w jednym roku kalendarzowym:

• mikroprzedsiębiorcy: 6 dni roboczych,
• mali przedsiębiorcy: 18 dni roboczych,
• średni przedsiębiorcy: 24 dni robocze,
• pozostali przedsiębiorcy: 48 dni roboczych.

Kontrola celno-skarbowa nie wymaga zawiadomienia i rozpoczyna się z chwilą doręczenia upoważnienia, a w sprawach niecierpiących zwłoki wystarczy okazanie legitymacji służbowej. Kontrola powinna zakończyć się w ciągu trzech miesięcy, tyle że organ może ten termin przedłużyć, zawiadamiając o tym na piśmie. Funkcjonariusze mają też szersze uprawnienia niż pracownicy urzędu skarbowego, ponieważ mogą przeszukiwać lokale i osoby, zabezpieczać dowody oraz pobierać próbki towarów.

Jakie prawa ma podatnik po zakończeniu kontroli?

Kontrola podatkowa kończy się protokołem, do którego podatnik może w ciągu 14 dni wnieść zastrzeżenia i wyjaśnienia. Prawo do korekty deklaracji, zawieszone na czas kontroli, odżywa po jej zakończeniu, więc przedsiębiorca może poprawić rozliczenie i uniknąć dalszego sporu. Jeśli tego nie zrobi, naczelnik urzędu skarbowego ma sześć miesięcy na wszczęcie postępowania podatkowego. W trakcie czynności przedsiębiorca może też złożyć sprzeciw, gdy organ narusza zasady prowadzenia kontroli z Prawa przedsiębiorców.

W kontroli celno-skarbowej korekta jest możliwa tylko w dwóch oknach: w ciągu 14 dni od doręczenia upoważnienia oraz w ciągu 14 dni od doręczenia wyniku kontroli, a poza nimi nie wywołuje skutków prawnych. Od 1 października 2025 roku dopuszczalna jest w tych terminach także korekta częściowa. Do wyniku nie składa się zastrzeżeń, a brak korekty powoduje automatyczne przekształcenie kontroli w postępowanie podatkowe. Różnica zaczyna się więc od zawiadomienia i kończy na czasie, jaki przedsiębiorca dostaje na reakcję. 

Biuro rachunkowe Agmer występuje przed urzędami jako pełnomocnik klientów, więc w obu przypadkach terminów pilnuje księgowy, a nie właściciel firmy. Więcej informacji znajdziesz na stronie https://agmerrachunkowosc.pl